主条目：奥运会丑闻和争议列表（英语：List of Olympic Games scandals and controversies）
主要事件
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随着奥林匹克运动会的发展，金錢和禁藥逐渐成为了一种潜在的威胁。许多人认为商业化对于奥林匹克运动会的发展起着很大作用，但是也担心它由于金钱的影响而失去公正，使得奥运的比賽成為經濟實力的較量。奥运会从一开始也为了避免受到金钱的影响，而不职业化，强调业余的原则。另外，服用禁藥的问题也影响着奥运会。为了提高成绩，一些运动员服用禁藥来达到目的，這是不被允許且違背運動精神的。
2014年8月4日，BBC節目《廣角鏡》播出《聖火下的交易》（Buying the Games），揭發2012年奧運會候選城市賄賂國際奧委會委員、而國際奧委會委員受賄的內幕。[8][9]节目播出後，國際奧委會主席雅克·羅格（Jacques Rogge）公開承諾，將針對該紀錄片指控的2012年奧運會申辦活動賄選事件，採取任何必要的措施調查。但是，奧運申辦的公正性，無疑已經蒙上了陰影。
2022年北京冬季奥运会的高山滑雪雪道和雪橇竞赛区被规划建设在北京松山国家级自然保护区的核心区。该地区包括了丁香叶忍冬、山西杓兰等多种珍贵的生物物种，且其中许多无法迁地保护。中国的许多生物学专业人员和环保主义者声称，如果将此区域开发为奥运场馆，该地的珍稀物种和综合生态环境将受到毁灭性破坏。中国政府试图将这片区域移除出自然保护区的范畴，另选择一些缺乏珍贵物种资源的区域划定为保护区，[10]此外还在中国国内广泛地删除或限制传播所有要求严格遵守中国法律，保护松山国家级保护区的相关言论。所有这些举动都引发了部分媒体和中国的生物学相关人士的批评。[11][12][13]目前，国际奥委会尚未对这些指责作出任何解释。
而如果因為一些事件必須取消或改地點，國際奧委會可能需要在之後的同樣賽事主辦權直接給予當時受影響的主辦城市作為補償。
此外也發現2002年冬季奧林匹克運動會有過行賄行為，至2015年的FIFA、IAAF也相繼捲入行賄醜聞，還有比賽造假、禁藥醜聞等破壞比賽公平競爭問題，讓奧運的永續發展增加變數。
禁藥問題
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從1968年開始，幾乎每屆奧運都有和禁藥有關的事件（除1980年，但可能存疑，因為沒有全部都藥檢），被剝奪的獎牌（16面獎牌是之後獲得清白或申訴成功才得以保留）大多和禁藥有關，只有3面是比賽上不當行為（如：拒領獎牌，攻擊或辱罵評審、裁判、其他參賽者，使用帶有政治、歧視物品）或身分欺詐（如：謊報年齡或異裝參賽）而造成。
至2018年，有52個國家或地區共查獲200起以上違規，一共拔掉117面項目次的獎牌，其中俄羅斯就失去41項獎牌。
就項目而言，共20項目，前七嚴重的項目是田徑、舉重、馬術、越野滑雪、角力、單車，其中馬術部分大部分是對馬匹的藥檢未過。
就用藥種類而言，一共四十七種，其中16起違規是類固醇。其他違規或嫌疑如：
拒絕或逃避藥檢、企圖竄改藥檢結果（共3起）
捲入BALCO醜聞（3起）
2012年更是起出16起案例是雖藥檢未使用禁藥，但是「生物護照」異常。
2016年也因為國際奧委會針對俄羅斯的禁藥醜聞並沒有採納世界反禁藥組織的建議對俄羅斯其全體禁賽，而是交由各單項運動協會決定，引來不少爭議，但俄羅斯對國際奧委會的決定表示「雖然嚴格但是客觀」，最後從389人降為282人。
獎牌的變動
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奧運會從1912年以來至2016年12月8日褫奪或變動了120個項目的獎牌（1968年褫奪獎牌開始確定），一共41金36銀43銅，大部分原因是因為使用禁藥，其他如在賽事上的不當行為（2面）、欺騙比賽單位自身身分
被褫奪的獎牌大多會順位遞補，但個人賽獎牌9面（1金2銀6銅）無遞補，這些獎牌會送至國際奧委會保存。例如：1992年男子舉重82.5公斤級銅牌，因為其獲得者頒獎典禮途中蓄意丟棄獎牌後離去，未遞補是因為違規不是比賽中發生。
最多的項目為舉重（42面），失去最多獎牌的代表團為俄羅斯（31面）
褫奪的個人獎牌有16面恢復，一共6金4銀6銅，為申訴成功或之後平反的結果。
多數情形下會在賽事當日後8～10年內追回（追溯期），超過這個時間者通常不追回，追回也是賽事當日後15年之內。
參見遭剥夺奥运会奖牌列表、各年奧林匹克運動會獎牌榜。
年齡限制
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由於為維護運動員的健康及其他因素考量，因此有些項目設定了年齡的限制（通常以當年的7月1日的年齡為準），但還是發生了以非真實年齡參賽的案例。
體操：16歲以上
田徑（十項運動、10000公尺、競走、女子投擲）：18歲以上
田徑（馬拉松、50公里競走）：20歲以上
田徑（其他項目）：16歲以上
男子足球：除3名超齡球員外，其他球員須於奧運舉行前23年之1月1日或以後出生 (即未足24歲)，2020年奧運因受2019冠状病毒病影響延遲1年舉行而修訂為25歲以下賽事，使1997年出生之球員仍可出賽。
納入賽車
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近年科技不斷進步，在汽車發達的時代，與汽車有關的比賽「賽車」也不斷增加，包括一级方程式、世界耐力锦标赛、世界拉力锦标赛、电动方程式、房車賽及摩托車賽等等賽車項目，同時賽車納入奧運的呼聲也不斷出現，雖然國際奧委會從未同意，但是這樣的呼聲也不是無從根據。
1900年，法國巴黎同時舉辦奧運及世界博覽會，歷時6個月才完成，期間還共舉辦了15場雙座、四座、7座、貨車及消防車的各種賽事，但大多參賽者都是法國人，而且參賽代表也多是雷諾、寶獅及法國的其他小車廠，而且這15場賽事，奧委會從沒承認或否認是否屬於奧運會或世博會，加上因為時代久遠，所以後人沒再追究這段歷史細節。
1936年，德國奧運在柏林舉行，當時的納粹政府元首希特勒為了宣揚國威，也同時舉辦「奧林匹亞拉力賽」，希望藉此向世界顯示德國車的實力，不過該賽事沒被納入奧委會的奧運項目中；這場拉力赛共2000公里，最後卻被英國女車手Elizabeth Betty Haig駕駛英國車廠Singer Motor的Singer Nine奪冠（Betty Haig退出賽車後轉職記者，為Motor Sport雜誌撰文及報導比賽，也不斷支持女性參與賽車，也促使1987年她逝世後，不少英國賽事都加入Betty Haig盃頒與最快的女性車手）
1972年，西德再度舉辦奧運，也再度舉辦奧林匹亞拉力賽，雖然還是不被奧委會納入比賽項目，不過有被納入世界拉力锦标赛（WRC）國際拉力賽事之中，該賽事起點為基爾（Kiel），終點為慕尼黑，共長677公里，有359部車參賽，大部分參賽者為德國人，而冠軍則是駕駛雷諾Alpine A110的法國隊代表让·托德(Jean Todt，曾于2009-2021任国际汽车联盟（FIA）主席）
让·托德進入FIA後，也對汽車運動作出很多貢獻，也使FIA在2012年得到國際奧委會的認可，並加入為國際體育聯會，FIA亦簽署了「奧林匹克憲章」，遵守反興奮劑標準及成立車手委員會，同時也令國際奧委會刪除了「不可使用機械推進運動」條款，讓賽車納入奧運有了指望。
不過第一個問題是：2012年國際奧委會主席羅格（Jacques Rogge）表示：奧運與一级方程式赛车（Formula1）有許多相似之處，不過奧運的概念是「比賽是為了運動員的比賽，而不是為了裝備」，因此雖然他們尊重賽車，但賽車不會被納入奧運項目。
不過他也有說：單車、高爾夫球桿及網球拍，甚至是最高技術的泳衣設計，都有許多機械或設備在當中發揮作用，更不用說馬術比賽中的馬；但賽車打破不了「只是運動員對運動員」的概念。不過他提出的上述問題，是可以透由使用統一規格的賽車完成，而且現今的賽車種類中，也有這類型的賽車，以講求更公平的車手及車手的相互競賽。
另一個問題是：奧運會是面向更大的觀眾群，但至今對大部分而言，仍無法打破「賽車不是運動」的傳統概念，而且很多人都認為賽車手是依賴賽車性能以及裝備表現比賽，而不是賽車手的技能及體力，不過從Formula 1，到整個FIA，至今也沒真正教育大眾：一般開車及操駕高性能車的區別，也無法讓民眾體會到參加各種賽車時所需的健康體力及心理建設，讓大眾明白賽車是個非常嚴苛的一項運動：必須穿著賽車服忍受車內的高溫、煞車及轉彎時需要承受高達5G的G力，以及必須利用各種技巧來取勝。
再者，現行賽車樣式（包含一級方程式、世界耐力锦标赛、世界拉力錦標賽及飄移賽）、都有屬於該類的國際賽事，因此對於用哪種形式加入奧運，FIA也有取捨壓力，更何況FIA屬下的各種賽車運動，一向是由車廠作主導而非車手，與奧運的「去商業化」原則相違背，因此若要真的統一規格賽車，在招標車廠上也會出現難題，FIA也不能從中協調。
最後的問題是：現行的賽車運動，都以「車隊加車手」作為參賽代表，而非國家代表，而且很多國家根本沒有重視過賽車運動，而且也會發生「他國車廠是否可以大力支持其他國車手國家代表參加奧運」的問題，更別提其他沒有賽車場或車手的國家。
不過以上四種問題，其實是有解決方案的，例如FIA曾舉辦過「賽車世界盃」之稱的A1 Grand Prix，但只有從2005年舉辦至2009因為資金問題而結束，也使其無法對大眾留下印象。因此賽車是否加入奧運，還是無法短期內完成。